Секретаріатові доручено виконання та координацію під керівництвом бюро програми, складеної Генеральною асамблеєю. Він, під контролем генерального секретаря та генерального уповноваженого з фінансових питань, відповідає за функціонування IKOMOC у рамках рішень Генеральної асамблеї та Виконавчого комітету і відповідно до генеральних напрямків, визначених президентом.
Він складає щорічний звіт про діяльність. Керівник Секретаріату призначається президентом за пропозицією бюро Виконавчого комітету, яку має попередньо схвалити комітет.