Для профілактики захворювання птиці інфекційним енцефаломієлітом керівники та спеціалісти птахогосподарств незалежно від форми власності зобов'язані сурово виконувати заходи, передбачені діючими Ветеринарно-санітарними правилами для птахівницьких господарств і вимогами до їх проектування, які затверджені наказом Головного державного інспектора ветеринарної медицини України від 3 липня 2001 року N 53 ( z0565-01 ) і зареєстровані в Мін'юсті 5 липня 2001 року за N 565/5756. При цьому необхідно організовувати захист господарства від занесення даної інфекції і її розповсюдження як у господарстві, так і за його межами. Для цього забезпечують увезення інкубаційних яєць тільки з господарств, благополучних щодо інфекційного енцефаломієліту та інших інфекційних захворювань, а їх інкубацію проводять в окремому інкубаторії в умовах надійної ізоляції від інкубаційних яєць, одержаних у даному господарстві. Вирощують ремонтний молодняк ізольовано від дорослої птиці, суворо дотримуються термінів міжциклових профілактичних перерв перед посадкою кожної наступної партії птиці, проводять якісну підготовку приміщень до посадки наступної партії птиці, підтримують високу санітарну культуру в пташниках, інкубаторії та інших виробничих приміщеннях.