Птиця уражається через слизові оболонки респіраторного та шлунково-кишкового трактів. Збудник орнітозу проникає у кровоносне русло і внаслідок своєї епітеліотропності уражає клітини мозкових оболонок, бронхів, легень, нирок і ретикуло-ендотеліальної системи. Це призводить до порушення клітинного метаболізму, інтоксикації та алергічної перебудови.