Виконавчим органом Фонду є Виконавча дирекція Фонду.
Виконавчий директор Фонду призначається Правлінням Фонду. Склад, права та обов'язки Виконавчої дирекції Фонду визначаються Положенням, затвердженим Правлінням Фонду.
Виконавча дирекція не рідше двох разів на місяць надає Правлінню Фонду звіт про виконану роботу.
Річний звіт Виконавчої дирекції, ухвалений Правлінням Фонду, розсилається главам урядів держав, які підписали Договір.