СДЦ підпорядковується Генеральному Директору, призначеному Комісією. Генеральний Директор і частина підрозділів, його безпосередньо йому підпорядкованих, розташовуються в Брюсселі.
Генеральний Директор вживає всіх необхідних заходів для ефективної роботи СДЦ відповідно до діючих регламентів та покладених на нього повноважень.
Відповідно до нижчеописаних процедур Генеральний Директор:
- підготовляє проекти програм по різних областях діяльності СДЦ для подання їх до Комісії, позначаючи їхні фінансові аспекти,
- створює стратегію СДЦ, особливо стосовно конкурентної діяльності, та вживає заходів, необхідних для її здійснення,
- обговорює та укладає контракти з дослідницької роботи з третіми сторонами,
- відповідає за здійснення програм та фінансове адміністрування,
- визначає внутрішню організаційну структуру СДЦ, зокрема з урахуванням вимог бюджету,
- у рамках покладених на нього повноважень використовує дану йому владу при призначенні компетенцій керівників Кадровими Регламентами та при укладанні контрактів за умовами наймання інших службовців.