Спільний Дослідницький Центр перебуває в підпорядкуванні Генерального Директора, який призначається Комісією на контрактній основі, тривалістю терміну контракту не більш, ніж чотири роки, що відновляється.
Генеральний Директор і служби, що знаходяться в його безпосереднім підпорядкуванні розташовуються в установі Ispra.
Генеральний Директор вживає всіх заходів , які необхідні для ефективної роботи СДЦ, погодженої з діючими регламентами й у рамках переданих йому повноважень. Відповідно до процедур, описаних нижче:
- він підготовляє і подає Комісії проекти програм роботи СДЦ, позначаючи їхні фінансові аспекти,
- у межах суми коштів, яка цілеспрямовано виділена Радою, він проводить переговори й укладає контракти на науково-дослідні роботи і при цьому він повинний виконувати правила тарифікації, які розроблені Радою за пропозицією Комісії,
- він є відповідальним за виконання програм і за ведення фінансових справ,
- він визначає внутрішню структуру СДЦ, приділяючи особливу увагу вимогам діючого бюджету;
- він використовує повноваження, дані йому при призначенні компетенцій Кадровими Регламентами Керівників і Умовами Використання Інших Службовців.