Керівник Центру:
1) організовує роботу Центру, здійснює безпосереднє керівництво його діяльністю, забезпечує виконання Центром покладених на нього завдань, несе відповідальність за результати його роботи;
2) представляє Центр у відносинах з державними органами, органами місцевого самоврядування, громадськими об’єднаннями, підприємствами, установами та організаціями, а також міжнародними організаціями;
3) укладає та підписує від імені Центру договори та угоди, видає довіреності, відкриває рахунки в органах Державної казначейської служби України та банках;
4) здійснює в установленому порядку розпорядження коштами в межах кошторису Центру;
5) подає на затвердження Секретарю Ради національної безпеки і оборони України організаційну структуру, штатний розпис і кошторис Центру;
6) затверджує склад робочих та експертних груп (у разі їх створення);
7) затверджує положення про структурні підрозділи Центру та посадові інструкції працівників Центру;
8) приймає в установленому порядку на роботу та звільняє з роботи працівників Центру;
9) видає обов'язкові до виконання структурними підрозділами і працівниками Центру доручення, накази, організовує та забезпечує контроль за їх виконанням;
10) затверджує правила внутрішнього трудового розпорядку Центру;
11) забезпечує підвищення кваліфікації працівників Центру;
12) забезпечує додержання законодавства про працю, правил і норм охорони праці, техніки безпеки, пожежної безпеки, виробничої санітарії, соціального страхування;
13) здійснює контроль за дотриманням виконавської та службової дисципліни у Центрі, вирішує в установленому порядку питання щодо заохочення працівників Центру, притягнення їх до дисциплінарної відповідальності;
14) забезпечує додержання законодавства про державну таємницю, про інформацію;
15) здійснює інші повноваження відповідно до законодавства.