Директор організовує роботу Інституту і несе персональну відповідальність за результати його діяльності перед Президентом України.
Загальне керівництво і оцінку діяльності Інституту здійснює Президент України.
Директор Інституту:
1) здійснює безпосереднє керівництво роботою Інституту, забезпечує виконання тематичних планів, додержання вимог законодавства, виконавської дисципліни;
2) організовує контроль за виконанням рішень Президента України з питань діяльності Інституту та реалізацією науково-дослідних програм;
3) затверджує організаційну структуру Інституту та його філіалів;
3 - 1 ) розподіляє обов'язки між першими заступниками, заступниками, вченим секретарем та радниками директора Інституту;
{Пункт 24 доповнено підпунктом 3 - 1 згідно з Указом Президента № 662/2010 від 02.06.2010 }
4) представляє Інститут у банківських установах, в органах державної влади України, на підприємствах, в установах, організаціях;
5) присвоює в установленому порядку працівникам Інституту ранги державних службовців;
6) встановлює посадові оклади відповідно до діючих схем у межах фонду оплати праці;
7) забезпечує комплектування Інституту кадрами, керує підготовкою наукових кадрів, забезпечує перепідготовку та підвищення їх кваліфікації;
8) залучає на договірних засадах фахівців для поглибленого аналізу і проведення міжгалузевих досліджень, що не є профільними для Інституту;
9) приймає на роботу та звільняє з роботи працівників Інституту, керівників філіалів;
10) видає в межах своїх повноважень накази, розпорядження, організовує та забезпечує контроль за їх виконанням;
11) забезпечує додержання законодавства про працю, правил і норм охорони праці, техніки безпеки, пожежної безпеки, виробничої санітарії, соціального страхування;
12) застосовує до працівників Інституту заходи матеріального і морального заохочення за високу якість наукових досліджень, видавничу діяльність, зразкове виконання службових обов'язків, ініціативу, новаторство;
13) накладає в установленому порядку дисциплінарні стягнення на працівників Інституту;
14) розпоряджається коштами в межах кошторису Інституту, затвердженого в установленому порядку;
15) укладає договори на виконання Інститутом науково-дослідних робіт, платних послуг;
16) затверджує схвалені Вченою радою плани наукових досліджень відділів, дослідницьких та робочих груп згідно з науковими проектами Інституту;
{Підпункт 16 пункту 24 із змінами, внесеними згідно з Указом Президента № 662/2010 від 02.06.2010 }
17) затверджує на підставі рішення Вченої ради результати конкурсу із вступу до аспірантури, докторантури, періодичної переатестації аспірантів, докторантів;
18) керує діяльністю Вченої ради та експертних рад;
19) подає згідно з рішенням Вченої ради документи на присвоєння вченого звання доцента, професора до Міністерства освіти і науки України, на здобуття наукового ступеня кандидата, доктора наук, присвоєння вченого звання старшого наукового співробітника - до Вищої атестаційної комісії України;
20) представляє в установленому порядку працівників Інституту до нагородження державними нагородами;
21) нагороджує Почесною грамотою Інституту його працівників, громадян України та іноземців, присуджує їм на підставі рішення Вченої ради почесне звання "Почесний доктор Національного інституту стратегічних досліджень";
22) налагоджує міжнародні наукові зв'язки Інституту;
23) створює умови, необхідні для творчого обміну думками та дискусій між працівниками, їх високопродуктивної праці, підвищення ефективності наукових досліджень, видавничої діяльності.