Основними завданнями Інституту є:
наукове обгрунтування концептуальних засад стосунків України з Російською Федерацією в контексті зовнішньополітичних стратегій України в європейському та світовому геополітичних просторах;
порівняльне прогнозування геополітичного розвитку Російської Федерації та України;
здійснення ситуаційного моніторингу зовнішньої та внутрішньої політики Російської Федерації і вироблення рекомендацій щодо коригування стратегічного курсу і поточних зовнішньополітичних ініціатив України;
порівняльний аналіз тенденцій соціально-політичного, економічного, науково-технічного, військового, військово-технічного, гуманітарного розвитку України та Російської Федерації;
надання Раді національної безпеки і оборони України рекомендацій та пропозицій щодо прийняття конкретних рішень у сфері українсько-російських відносин;
експертиза проектів правових актів та заходів щодо забезпечення національних інтересів України у стосунках з Російською Федерацією;
координація наукових досліджень з питань українсько-російських відносин;
публікація та розповсюдження результатів наукових досліджень, що проводяться під егідою Ради національної безпеки і оборони України.