Інститут очолює директор, яким за посадою є один із заступників Секретаря Ради національної безпеки і оборони України.
Директор призначається і звільняється Президентом України за поданням Секретаря Ради національної безпеки і оборони України.
( Пункт 25 в редакції Указу Президента N 1526/2005 ( 1526/2005 ) від 01.11.2005 )