Дорадчим органом при директорові є вчена рада Інституту. До її складу входять представники дирекції, завідувачі відділів, провідні вчені Інституту та інших наукових установ, фахівці Апарату Ради національної безпеки і оборони України, державних органів.
Положення про вчену раду Інституту, її структура та персональний склад затверджуються Секретарем Ради національної безпеки і оборони України. У разі потреби при вченій раді можуть утворюватися секції.
За рішенням вченої ради при наукових відділах можуть бути організовані експертні ради з окремих наукових проблем для здійснення експертиз наукових проектів, їх окремих етапів, результатів наукових досліджень та координації робіт між виконавцями, визначення основних проблем у межах відповідних наукових напрямків. До їх складу залучаються співробітники як Інституту, так і інших установ, що працюють за науковим профілем відповідного відділу. Склад експертних рад затверджується директором Інституту за поданням завідувача відділу.