Центр очолює директор-координатор, який призначається на посаду Президентом України.
Директор-координатор:
організує роботу Центру відповідно до мети та завдань, передбачених Статутом, а також програм і планів діяльності Центру;
представляє Центр у відносинах з органами виконавчої влади і громадськими організаціями, підприємствами, установами та організаціями, укладає угоди на виконання науково-дослідних робіт;
затверджує кошторис видатків Центру та його штатний розпис;
розпоряджається в установленому порядку коштами та майном Центру;
приймає на посади і звільняє з посад заступників (двох) директора-координатора (за погодженням з наглядовою радою), а також керівників відділів, ученого секретаря та інших працівників Центру;
затверджує правила внутрішнього розпорядку Центру;
звітує перед наглядовою радою про результати діяльності Центру;
затверджує положення про структурні та відособлені підрозділи Центру;
розподіляє обов'язки між заступниками директора-координатора;
видає накази та виконує інші дії у межах своєї компетенції.
Директор-координатор несе персональну відповідальність за виконання покладених на Центр завдань і здійснення ним своїх функцій, встановлює ступінь відповідальності заступників директора-координатора та інших посадових осіб Центру.
Основними структурними підрозділами Центру є відділи, які організують, координують та виконують роботи за встановленими напрямами діяльності Центру.
З метою обгрунтованого і кваліфікованого прийняття рішень з питань формування напрямів науково-технічних досліджень і визначення інших завдань при Центрі може створюватися науково-технічна рада, яку очолює директор-координатор Центру. До роботи в ній можуть залучатися провідні фахівці і науковці України та інших держав.