Основними завданнями органу управління у ході проведення спільних антитерористичних заходів є:
збір відомостей про обстановку, оцінка, узагальнення та аналіз інформації, доведення її до спеціальних антитерористичних формувань та інших підрозділів, які залучаються до спільного антитерористичного заходу, підготовка пропозицій для ухвалення рішення керівником органу управління;
розробка плану проведення спільного антитерористичного заходу;
організація підготовки та застосування залучених сил, спеціальних заходів і матеріалів забезпечення, вжиття заходів щодо запобігання можливим негативним наслідкам;
вироблення тактики ведення переговорів та організація їхнього проведення з особами, які є об'єктами проведення спільного антитерористичного заходу (у разі необхідності);
здійснення взаємодії з органами державної влади і місцевого самоврядування;
забезпечення проведення оперативно-розшукових заходів і слідчих дій;
підведення підсумків проведених заходів.