Для безпосереднього управління спеціальними антитерористичними формуваннями під час проведення спільних антитерористичних заходів Стороною, яка запитує, створюється орган управління.
Керівник органу управління призначається Стороною, яка запитує.
Структура органу управління, завдання і функції його підрозділів визначаються керівником органу управління залежно від цілей проведення спільних антитерористичних заходів. Діловодство в органі управління ведеться російською мовою.
До складу керівництва органу управління включаються керівники спеціальних антитерористичних формувань, які беруть участь у спільних антитерористичних заходах, представники компетентних органів Сторін і Центру.
За рішенням Ради глав держав Співдружності Незалежних Держав, а у разі необхідності - за рішенням глав заінтересованих держав-учасниць СНД, керівництво проведенням спільних антитерористичних заходів може бути доручено Центру. У таких випадках орган управління створюється Керівником Центру.