До функцій Комісії належатимуть:
1. Розгляд питань, пов'язаних з розвитком торгівлі, економічних та інших відносин між двома країнами, що виникають згідно з українсько-хорватською Угодою про торгівлю та економічне співробітництво ( 191_019 ) від 2 червня 1994 року.
2. Сприяння розвитку різних форм співробітництва, включаючи створення спільних підприємств, у тому числі спільних підприємств у вигляді акціонерних товариств, банків, підприємств виробничої кооперації.
3. Розробка пропозицій та впровадження проектів, спрямованих на підвищення зовнішньоекономічного товарообміну, урізноманітнення поставок та підвищення якості товарів.
4. Організація та проведення виставок та ярмарків.
5. Розробка пропозицій, спрямованих на розширення та поглиблення співробітництва у питаннях, що становлять взаємний інтерес; розробка пропозицій щодо обміну інформацією та фахівцями, маючи на меті ознайомлення з виробничим досвідом обох держав.
6. Контроль за виконанням своїх рішень та домовленостей, досягнутих між Урядом України та Урядом Республіки Хорватія.