Функції Комісії є:
1. Розгляд питань і вживання необхідних заходів, скерованих на розвиток торговельно-економічних та інших зв'язків обох країн, що випливають з українсько-монгольських домовленостей.
2. Сприяння розвиткові нових форм співробітництва, включаючи створення спільних підприємств, змішаних акціонерних товариств і кооперованих виробництв.
3. Організація робіт по збільшенню зовнішньоторговельного товарообігу, розширенню асортименту та покращенню якості товарів.
4. Розробка пропозицій і вживання заходів, скерованих на розширення і поглиблення науково-технічного співробітництва з питань, що становлять взаємний інтерес, а також розробка пропозицій по обміну фахівцями для взаємного ознайомлення з науково-технічними досягненнями та передовим виробничим досвідом обох країн.
5. Контроль за ходом виконання своїх рішень і угод з питань розвитку торговельно-економічного співробітництва та іншим зв'язкам між Україною та Монголією і вживання заходів, необхідних для їх виконання.