Акцептовані рахунки подаються українській Стороні щомісяця, до 15 числа місяця, наступного за розрахунковим. До рахунків додаються реєстри з зазначенням серії та номерів ВПД МО України, маршрутів руху за ними і сум, пред'явлених до оплати за видами перевезень. Дійсні транспортні документи і ВПД МО України, якими оплачувались перевезення, зберігаються молдовською Стороною протягом 3 років з моменту виконання перевезення. За станом на 1 січня і 1 липня Сторони проводять звіряння поданих рахунків і оплачених коштів з подальшим проведенням взаєморозрахунків.
Українська Сторона оплачує роботу молдавської Сторони щодо перевірки рахунків транспортних організацій і ведення розрахунків з ними в розмірі 3% перевізних платежів за військові перевезення, виконані в інтересах Збройних Сил України з урахуванням результатів взаєморозрахунків за півріччя.