Управління військовими перевезеннями здійснюється у взаємодії з відповідними органами управління на видах транспорту:
на території України - Центральним управлінням військових сполучень тилу Збройних Сил України;
на території Республіки Молдова - Військово-транспортним відділом озброєння і тилу Міністерства оборони Республіки Молдова. Щодобово, два рази, за станом на 6.00 і 18.00 звітної доби Центральне управління військових сполучень тилу Збройних Сил України і Військово-транспортний відділ озброєння та тилу Міністерства оборони Республіки Молдова обмінюються інформацією про стан справ з перевезеннями військових формувань і військових вантажів і, при необхідності, приймають рішення в межах своєї компетенції.