Військові перевезення повітряним транспортом виконуються за узгодженням з відповідними органами Сторін, які завідують питаннями повітряного транспорту.
Управління польотами повітряних суден у повітряному просторі України і у повітряному просторі Республіки Молдова здійснюється відповідно їх територіальними органами управління на повітряному транспорті.
Безпека польотів повітряних суден, які виконують військові перевезення, забезпечується відповідно до міжнародного права та законодавства держави, у повітряному просторі якої здійснюються польоти.
При виникненні несправностей на борту повітряного судна, стихійного лиха та інших надзвичайних обставин у повітряному просторі України та у повітряному просторі Республіки Молдова територіальні органи управління на повітряному транспорті надають допомогу повітряним суднам, які виконують військові перевезення, включаючи надання запасних аеродромів для аварійної посадки.