Для реалізації цього Протоколу, згідно з внутрішньодержавним законодавством, встановлюються слідуючі органи:
1. Вищі компетентні органи:
- Державний комітет у справах охорони державного кордону України;
- Міністерство внутрішніх справ Румунії.
2. Компетентні прикордонні органи:
з боку України
- Управління прикордонного контролю Державного комітету у справах охорони державного кордону України;
- Прикордонні Уповноважені України у пунктах пропуску та їх заступники;
- начальники контрольно-пропускних пунктів;
з боку Румунії
- Управління Прикордонної поліції;
- начальники зональних центрів прикордонної поліції;
- начальники пунктів контролю.