Сторони визначають відповідні структурні підрозділи своїх центральних митних органів, які забезпечують врегулювання питань, пов'язаних з реалізацією положень Протоколу, і надають їм повноваження на здійснення прямих контактів між собою у відповідності до їх національних законодавств.
Сторони на постійній основі не рідше двох разів на рік проводять робочі зустрічі експертів з метою вирішення поточних питань, пов'язаних з визначенням і контролем митної вартості товарів, які переміщуються через спільний митний кордон України і Угорської Республіки.