Основними принципами організації взаємодії є:
дотримання законодавств держав Сторін;
зосередження сил і засобів Сторін на усунення надзвичайної ситуації в пунктах пропуску;
оперативність і старанність в реалізації положень цього Протоколу;
чітке розмежування рівнів взаємодії.