Цілями взаємодії є:
забезпечення узгодженої та ефективної діяльності митних органів Сторін в галузі здійснення митного оформлення та контролю;
забезпечення умов для ефективного здійснення митного контролю фізичних осіб, транспортних засобів, товарів у мінімально можливі строки та виключення необґрунтованої затримки їх у пунктах пропуску через українсько-російський державний кордон в частині компетенції митних органів Сторін;
забезпечення комплексного, раціонального й ефективного використання сил і засобів митних органів Сторін при виконанні покладених на них завдань;
створення умов, що сприятимуть підвищенню якості здійснення митного контролю.