Співробітництво між Сторонами організовується та здійснюється на таких рівнях:
1. Заступник Голови Державної прикордонної служби України - директор Департаменту оперативної діяльності та перший заступник керівника Прикордонної служби Федеральної служби безпеки Російської Федерації проводять зустрічі та консультації в міру необхідності.
2. Начальник оперативно-розшукового управління Департаменту оперативної діяльності Адміністрації Державної прикордонної служби України і начальник оперативного управління Прикордонної служби Федеральної служби безпеки Російської Федерації проводять зустрічі один раз на рік.
3. Керівники оперативно-розшукових відділів Північного, Східного і Азово-Чорноморського регіональних управлінь Державної прикордонної служби України та керівники оперативно-розшукових відділів регіональних прикордонних управлінь Федеральної служби безпеки Російської Федерації по Центральному і Південному федеральних округах, керівник Чорноморсько-Азовського прикордонного управління берегової охорони Федеральної служби безпеки Російської Федерації проводять зустрічі не рідше одного разу на півріччя.
4. Керівники оперативно-розшукових відділів Донецького, Луганського, Харківського, Сумського, Чернігівського, Бердянського, Сімферопольського прикордонних загонів Державної прикордонної служби України та оперативних відділів Прикордонного управління Федеральної служби безпеки Російської Федерації по Ростовській області, Прикордонного управління Федеральної служби безпеки Російської Федерації по Білгородській та Воронезькій областях, прикордонного управління Федеральної служби безпеки Російської Федерації по Курській області, прикордонного управління Федеральної служби безпеки Російської Федерації по Брянській області та Чорноморсько-Азовського прикордонного управління берегової охорони Федеральної служби безпеки Російської Федерації проводять зустрічі в міру необхідності, але не рідше одного разу на квартал.