З метою виконання положень цього Протоколу безпосередню взаємодію у рамках своєї компетенції здійснюють такі Компетентні органи:
а) з української сторони - Департамент оперативної діяльності Адміністрації Державної прикордонної служби України; оперативно-розшукові відділи Північного, Східного і Азово-Чорноморського регіональних управлінь Державної прикордонної служби України; оперативно-розшукові відділи Сімферопольського, Бердянського, Донецького, Луганського, Харківського, Сумського та Чернігівського прикордонних загонів Державної прикордонної служби України;
б) з російської сторони - оперативне управління Прикордонної служби Федеральної служби безпеки Російської Федерації, оперативні відділи регіональних прикордонних управлінь Федеральної служби безпеки Російської Федерації по Південному і Центральному федеральних округах; оперативні відділи Чорноморсько-Азовського прикордонного управління берегової охорони Федеральної служби безпеки Російської Федерації, прикордонних управлінь Федеральної служби безпеки Російської Федерації по Ростовській, Білгородській, Воронезькій, Курській та Брянській областях.
Сторони негайно інформують одна одну у письмовій формі про зміну назви або функцій компетентних органів.