Цей Протокол спрямований на врегулювання питань, пов'язаних із запобіганням, виявленням та припиненням організованих форм злочинності на україно-молдовському кордоні, в межах законодавства держав Сторін у таких сферах:
протидія тероризму і терористичній діяльності;
запобігання та припинення злочинів, пов'язаних з контрабандою, у тому числі з незаконним переміщенням через державний кордон наркотичних засобів та прекурсорів, отруйних, радіоактивних та вибухових речовин, вибухових пристроїв, зброї, боєприпасів;
запобігання та припинення злочинів, пов'язаних з торгівлею людьми та незаконною міграцією.