Для реалізації положень цього Протоколу компетентними органами Сторін є:
з Української Сторони - Департамент оперативної діяльності Адміністрації Державної прикордонної служби України, оперативно-розшукові відділи: Південного регіонального управління, Західного регіонального управління, Чернівецького, Могилів-Подільського, Котовського, Білгород-Дністровського та Ізмаїльського прикордонних загонів Державної прикордонної служби України;
з Молдовської Сторони - Оперативне управління Прикордонної служби Республіки Молдова, оперативні підрозділи територіальних органів Прикордонної служби Республіки Молдова.