Для виконання положень Протоколу Уповноваженими підрозділами Сторін є:
з Української Сторони - Департамент оперативної діяльності Адміністрації Державної прикордонної служби України, оперативно-розшукові відділи Чернігівського, Житомирського і Луцького прикордонних загонів;
з Білоруської Сторони - Головне управління оперативної діяльності Державного комітету Прикордонних військ Республіки Білорусь, служби оперативної діяльності і дізнання Брестської прикордонної групи, Пінського і Гомельського прикордонних загонів прикордонних військ Республіки Білорусь.