З метою реалізації цієї Програми уповноважені органи створюють Спільну комісію з науково-технічного співробітництва (далі - Спільна комісія), що складається з рівної кількості представників та експертів, призначених кожним уповноваженим органом.
Робота Спільної комісії зосереджена на створенні організаційних і фінансових умов для здійснення науково-технічного співробітництва. Спільна комісія пропонує, узгоджує та контролює реалізацію спільних програм науково-технічного співробітництва.
Спільна комісія затверджує програми співробітництва на дворічний період, контролює їх виконання та, у разі необхідності, пропонує конкретні заходи щодо реалізації результатів співробітництва.
Спільна комісія збирається кожні два (2) роки, почергово в Україні та Республіці Хорватія або, у разі необхідності, частіше на запит однієї зі Сторін.