1. Відбір проектів, які здійснюються в рамках Програми НТС, відбувається на конкурсній основі. Конкурси на фінансування проектів в Україні та Державі Ізраїль оголошуються одночасно.
2. В оголошеному конкурсі можуть приймати участь вчені та інші дослідники з усіх наукових установ і вищих навчальних закладів України та Держави Ізраїль. Головною умовою участі є наявність партнера у державі іншої Сторони, а також відповідність додатковим умовам, які вказані в оголошенні про конкурс.
3. Керівник проекту повинен подавати заявку на конкурс відповідно до МОН або МНТК.
4. Проект повинен відповідати вимогам, закріпленим у конкурсній пропозиції, і пройти наукову експертизу. Потім проект повинен бути схвалений Спільним комітетом.