Основним принципом роботи Комісії є захист законних інтересів та прав дитини, зокрема на: недискримінацію; конфіденційність; участь у вирішенні питань щодо неї; дотримання культурно-етичних норм; забезпечення безпечності процедур для стану здоров’я дитини тощо.