Підрозділ внутрішнього аудиту виконує такі функції:
1) перевіряє фінансово-господарську діяльність Фонду;
2) оцінює інформаційно-технічне забезпечення управління та проведення операцій;
3) проводить моніторинг дотримання посадовими особами та працівниками Фонду вимог законодавства і внутрішніх актів Фонду, затверджених Наглядовою радою та Дирекцією;
4) перевіряє правильність ведення і достовірність бухгалтерського обліку та фінансової звітності;
5) виявляє та перевіряє випадки перевищення повноважень органами управління, посадовими особами Фонду, виникнення потенційного або реального конфлікту інтересів;
6) перевіряє достовірність та своєчасність подання інформації органам державної влади, які в межах компетенції здійснюють державний нагляд та контроль за діяльністю Фонду;
7) проводить оцінку видів діяльності Фонду, виконання яких забезпечується шляхом залучення юридичних та фізичних осіб - підприємців на договірній основі (аутсорсинг);
8) виконує інші функції, пов’язані із здійсненням контролю за діяльністю Фонду.