Для стадії експлуатації враховується можливість порушення регламенту експлуатації геологічного сховища, оцінюються поточне та потенційне опромінення персоналу і населення, пов'язане з існуванням геологічного сховища. Як критерії безпеки для оцінки безпеки сховища на період експлуатації використовуються ліміти дози та/або ризику, установлені НРБУ-97/Д-2000.