Управління ЯПУ здійснюється відповідно до документації системи управління діяльністю, яка розробляється та затверджується ЕО. У документації системи управління діяльністю визначаються права, обов'язки, відповідальність і компетенція кожного працівника щодо безпечної експлуатації ЯПУ, у тому числі у випадках виникнення аварій.