Безпека ЯПУ забезпечується за рахунок послідовної реалізації стратегії глибокоешелонованого захисту, що базується на застосуванні системи фізичних бар'єрів на шляху розповсюдження в навколишнє середовище іонізуючого випромінювання та радіоактивних речовин та системи технічних засобів і організаційних заходів щодо захисту фізичних бар'єрів і збереження їх ефективності.