Роботою Комісії керує її голова, а у разі відсутності голови - його перший заступник або один із заступників. Голова Комісії, його заступники та персональний склад Комісії затверджуються рішенням Кабінету Міністрів України з урахуванням рівня надзвичайної ситуації.