За результатами щорічної оцінки діяльності Агенції орган сертифікації готує висновок, який містить:
оцінку правильності ведення бухгалтерського обліку і достовірності фінансової звітності;
висновки щодо законності та ефективності використання підтримки у сільському господарстві;
оцінку системи внутрішнього контролю;
оцінку точності даних щодо результативності програм підтримки;
висновки щодо законності та відповідності виплат, здійснених у рамках заходів підтримки, вимогам законодавства.