Методика проведення щорічної оцінки діяльності Агенції органом сертифікації повинна передбачати:
планування оцінки з визначенням її обсягу, строків, етапів та напрямів проведення аудиторських процедур;
визначення критеріїв суттєвості виявлених під час проведення щорічної оцінки діяльності Агенції порушень, відхилень і ризиків та їх застосування;
формування вибірки операцій, документів та даних для проведення перевірки з урахуванням їх обсягу, характеру та рівня ризику;
отримання належних і достатніх аудиторських доказів шляхом проведення перевірок, аналізу документів, зіставлення даних, використання інформаційно-аналітичних інструментів та інших процедур;
проведення оцінки отриманих аудиторських доказів і узагальнення результатів аудиту з метою формування обґрунтованих висновків;
застосування професійного судження під час проведення аудиту та підготовки висновку;
документування всіх етапів аудиту у спосіб, що забезпечує можливість проведення перевірки обґрунтованості висновків і відтворення проведених процедур.