Президія Академії має постійно діючий апарат, що забезпечує виконання її рішень.
Керівництво діяльністю апарату президії здійснюють президент, перший віце-президент, віце-президенти і головний учений секретар Академії відповідно до розподілу обов’язків.
Кошторис і штатний розпис президії затверджує президент Академії за погодженням з Мінфіном.