Президент Академії:
організовує роботу Академії та її президії;
видає накази;
здійснює керівництво діяльністю Академії щодо розвитку фундаментальних і прикладних наукових досліджень у галузі освіти, педагогіки і психології, сприяє впровадженню їх результатів у практику;
вирішує питання добору і розстановки керівних кадрів Академії;
відповідає за фінансово-технічне забезпечення, міжнародні зв’язки;
установлює розміри посадових окладів працівникам апарату президії, керівникам наукових установ, що входять до складу Академії, відповідно до актів Кабінету Міністрів України з цього питання;
забезпечує взаємодію Академії з Адміністрацією Президента України, Апаратом Верховної Ради України, Секретаріатом Кабінету Міністрів України, Національною академією наук, іншими національними галузевими академіями наук та громадськими об’єднаннями;
в установленому порядку представляє інтереси Академії в судах, видає довіреності;
головує на загальних зборах, засіданнях президії Академії, організовує виконання рішень загальних зборів і президії, застосовує заходи заохочення до працівників Академії і дисциплінарні стягнення до працівників апарату президії, керівників наукових установ та їх заступників, які призначаються ним на зазначені посади.
У разі відсутності президента його обов’язки виконує перший віце-президент, один із віце-президентів або головний учений секретар Академії.
Перший віце-президент, віце-президенти та головний учений секретар Академії обираються таємним голосуванням на час повноважень її президента загальними зборами дійсних членів (академіків) Академії простою більшістю голосів.
Академіки-секретарі відділень обираються загальними зборами відділень з числа дійсних членів (академіків) Академії таємним голосуванням простою більшістю голосів строком на п’ять років і затверджуються загальними зборами Академії таємним голосуванням простою більшістю голосів.
Інші члени президії Академії обираються загальними зборами дійсних членів (академіків) та членів-кореспондентів Академії таємним голосуванням строком на п’ять років простою більшістю голосів.