Наукові підрозділи навчально-наукового комплексу "Інститут прикладного системного аналізу" Університету (науково-дослідний відділ, наукові лабораторії, сектори, наукові допоміжні підрозділи і служби) проводять фундаментальні та прикладні дослідження з найактуальніших проблем науки і техніки, беруть участь у підготовці наукових кадрів вищої кваліфікації.