Для вирішення поточних питань, пов'язаних з діяльністю Університету, ректор відповідно до Статуту і за узгодженням із вченою радою створює такі робочі і дорадчі органи: ректорат, адміністративну раду, науково-технічну раду, методичну раду, вчені ради інститутів і факультетів, приймальну комісію, експертно-правову комісію, експертно-кваліфікаційну комісію, бюджетно-фінансову комісію та інші комісії, які діють за відповідними положеннями. Крім того, ректор створює управлінські підрозділи з питань навчальної роботи, кадрової роботи, служби господарської діяльності, статистичної звітності, планово-фінансової діяльності, бухгалтерію, служби сприяння працевлаштуванню випускників, з питань безпеки праці тощо.
Для вирішення питань атестації науково-педагогічних кадрів в Університеті створюються спеціалізовані вчені ради з присудження наукових ступенів, які діють відповідно до законодавства.
Безпосереднє керівництво навчально-методичною, навчально-виховною, науковою, міжнародною й адміністративно-господарською діяльністю Університету здійснюють проректори, які відповідають за ці напрями діяльності. Проректори призначаються на посаду та звільняються з посади наказом ректора Університету за узгодженням з вченою радою Університету.
Права й обов'язки проректорів, директорів інститутів, деканів, керівників структурних підрозділів, завідуючих кафедрами та інших керівних осіб визначає ректор Університету відповідно до функцій, які вони виконують.
Структурні підрозділи Університету (інститути, факультети, кафедри тощо) створюються за наказом ректора Університету після схвалення вченою радою Університету. Структурні підрозділи функціонують відповідно до власних положень, які розробляються згідно з чинним законодавством, Статутом Університету, і затверджуються ректором Університету.