Управління діяльністю Університету здійснюється на основі принципів:
автономії та самоврядування;
розмежування прав, повноважень і відповідальності МОН, керівництва Університету та його структурних підрозділів;
поєднання колегіальних та єдиноначальних засад;
незалежності від політичних партій, громадських і релігійних організацій.