Кошти для функціонування Університету передбачаються у Державному бюджеті України на відповідний рік за окремою бюджетною програмою МОН.
Витрати Університету з підготовки фахівців за контрактами понад державне замовлення фінансуються підприємствами, установами, організаціями та фізичними особами, в тому числі іноземними.