У НСТУ відповідно до законодавства запроваджено систему внутрішнього контролю. Контроль за функціонуванням системи внутрішнього контролю в НСТУ здійснює наглядова рада.
До системи внутрішнього контролю входять:
внутрішній аудитор (підрозділ внутрішнього аудиту);
підрозділ ризиків та комплаєнсу;
підрозділ з питань запобігання та протидії корупції.