Захист інформації, що надається заявником Центру для проведення регламентних процедур (у тому числі персональних даних керівника Центру, заступників керівників Центру та заявника Центру), забезпечується шляхом ужиття:
організаційних заходів щодо обліку та зберігання справ Центрів (формування справ Центрів та їх облік; призначення осіб, відповідальних за зберігання справ Центрів; обмеження доступу до приміщень (шаф), у яких зберігаються справи Центрів);
організаційно-технічних і технічних заходів, реалізованих у результаті впровадження комплексної системи захисту інформації, у тому числі використання надійних засобів електронного цифрового підпису, ведення журналів роботи програмно-технічного комплексу Засвідчувального центру в захищеному вигляді, розмежування та здійснення контролю за інформаційними потоками між внутрішньою локальною мережею Засвідчувального центру і підсистемою відкритого доступу, використання антивірусних засобів, міжмережевих екранів тощо.