Санітарно-карантинні підрозділи (відділи, пункти) у пунктах пропуску через державний кордон працюють у взаємодії з іншими контрольними службами, які здійснюють прикордонний, митний, ветеринарний, фітосанітарний та екологічний контроль.
У своїй діяльності ці підрозділи (відділи, пункти) керуються законодавством України, нормативно-правовими актами МОЗ, наказами головного державного санітарного лікаря України та цими Правилами.