Санітарно-карантинні підрозділи (відділи, пункти) створюються після прийняття Кабінетом Міністрів України акта про відкриття пункту пропуску через державний кордон.
Рішення про утворення санітарно-карантинного підрозділу (відділу, пункту) приймається Радою міністрів Автономної Республіки Крим, обласними, Київською та Севастопольською міськими держадміністраціями на підставі подання головного державного санітарного лікаря відповідної адміністративної території або відповідного виду транспорту та за погодженням з головним державним санітарним лікарем України.