Об’єктами моніторингу біологічного та ландшафтного різноманіття є:
1) види рослинного і тваринного світу, внесені до Червоної книги України;
2) рідкісні, такі, що перебувають під загрозою зникнення, і типові природні рослинні угруповання, внесені до Зеленої книги України;
3) види рослинного і тваринного світу, природні середовища існування, природні оселища, біотопи, угіддя і території, що перебувають під загрозою зникнення, підлягають охороні, збереженню та регулюванню використання, управлінню відповідно до міжнародних зобов’язань України:
види рослин і тварин, що внесені в Додатки І, ІІ, ІІІ до Конвенції про міжнародну торгівлю видами дикої фауни і флори, що перебувають під загрозою зникнення;
мігруючі види диких тварин, що внесені в Додатки І, ІІ до Конвенції про збереження мігруючих видів диких тварин;
види китоподібних, що внесені в Додаток І до Угоди про збереження китоподібних Чорного моря, Середземного моря та прилеглої акваторії Атлантичного океану;
види водно-болотних птахів, що внесені в Додаток ІІ до Угоди про збереження афро-євразійських мігруючих водно-болотних птахів;
види кажанів, що внесені в Додаток І до Угоди про збереження популяцій європейських кажанів відповідно до Резолюції 3.7 “Поправка до Угоди про збереження кажанів в Європі”;
види флори, що внесені в додаток І, види фауни, що внесені в додатки ІІ, ІІІ до Конвенції про охорону дикої флори та фауни і природних середовищ існування в Європі (далі - Бернська конвенція), типи природних середовищ існування (природних оселищ, біотопів), що перебувають під загрозою зникнення, внесені в додаток І до Резолюції 4, та природні середовища існування (оселища, біотопи, місцезростання) видів, що внесені в додаток І до Резолюції 6 Постійного комітету Бернської конвенції, території, включені до Списку офіційно номінованих територій Смарагдової мережі та Списку офіційно схвалених територій Смарагдової мережі;
види птахів, що внесені в додатки І, ІІ, ІІІ до Директиви Європейського Парламенту і Ради від 30 листопада 2009 р. № 2009/147/ЄС про збереження диких птахів;
типи природних оселищ, що внесені в додаток І, види тварин та рослин, що внесені в додатки ІІ, IV і V до Директиви Ради ЄС від 21 травня 1992 р. № 92/43/ЄЕС про збереження природних оселищ та дикої фауни і флори;
водно-болотні угіддя, включені до Списку водно-болотних угідь міжнародного значення відповідно до Конвенції про водно-болотні угіддя, що мають міжнародне значення, переважно як середовище існування водоплавних птахів;
біосферні резервати програми ЮНЕСКО “Людина і біосфера”;
об’єкти всесвітньої природної спадщини ЮНЕСКО;
4) інвазійні (інвазивні) чужорідні види рослинного і тваринного світу, внесені до переліків, затверджених Міндовкіллям;
5) об’єкти рослинного (крім лісових ресурсів, моніторинг яких здійснюється в підсистемі моніторингу лісів державної системи моніторингу довкілля) і тваринного світу, віднесені до природних ресурсів загальнодержавного значення, використання яких здійснюється в порядку спеціального використання;
6) індикаторні види рослинного і тваринного світу, перелік яких визначається за необхідності відповідно до обраних методик оцінок і визначення стану природоохоронних та інших територій (елементів екомережі, прибережних захисних смуг, лісосмуг, сільськогосподарських угідь, земель лісового фонду, водних об’єктів тощо);
7) генетично модифіковані організми;
8) біологічне та ландшафтне різноманіття в межах:
територій та об’єктів природно-заповідного фонду;
територій та об’єктів екомережі;
сільськогосподарських угідь, водних об’єктів, зокрема рибогосподарських, мисливських угідь, наданих у користування, степів і луків, боліт і торфовищ;
9) елементи ландшафту.