Підсистема моніторингу біологічного та ландшафтного різноманіття державної системи моніторингу довкілля функціонує в режимі:
1) повсякденного функціонування;
2) підвищеної готовності;
3) реагування на надзвичайні екологічні ситуації;
4) відстеження у відновлювальний (реабілітаційний) період.
Режим функціонування підсистеми моніторингу біологічного та ландшафтного різноманіття встановлюється Міндовкіллям залежно від режиму функціонування державної системи моніторингу довкілля.
У режимі повсякденного функціонування суб’єкти моніторингу здійснюють заходи, передбачені програмами моніторингу біологічного та ландшафтного різноманіття відповідного рівня.
У режимі підвищеної готовності суб’єкти моніторингу за необхідності збільшують частоту збору первинних даних і щільність мережі пунктів спостережень, здійснюють запобіжні та підготовчі заходи, спрямовані на мобілізацію виконавців моніторингових робіт, ресурсів і засобів для їх застосування в разі необхідності, укладають відповідні плани дій на випадок настання надзвичайної екологічної ситуації та відновлювального (реабілітаційного) періоду.
У режимі реагування на надзвичайні екологічні ситуації суб’єкти моніторингу забезпечують здійснення безперервного моніторингу наслідків впливу надзвичайної екологічної ситуації на стан біологічного та ландшафтного різноманіття, невідкладно вносять первинні дані до відповідних інформаційно-аналітичних систем або забезпечують передачу даних Міндовкіллю в інший доступний спосіб, здійснюють необхідні евакуаційні заходи для запобігання шкідливому впливу на виконавців моніторингових робіт і матеріально-технічні ресурси моніторингу.
У режимі відстеження у відновлювальний (реабілітаційний) період суб’єкти моніторингу здійснюють заходи, спрямовані на забезпечення фіксації динаміки природних змін стану об’єктів моніторингу, а також ефективності природоохоронних та інших заходів, спрямованих на ліквідацію наслідків надзвичайної екологічної ситуації.
У режимі підвищеної готовності, реагування на надзвичайні екологічні ситуації та відстеження у відновлювальний (реабілітаційний) період суб’єкти моніторингу біологічного та ландшафтного різноманіття здійснюють інші заходи, передбачені законодавством.